臭豆腐“闻着臭”是因为豆腐在发酵淹制和后发酵的过程中，其中所含蛋白质在蛋白酶的作用下分解，所含的硫氨基酸也充分水解，产生一种叫硫化氢(H2S)的化合物，这种化合物具有刺鼻的臭味。在蛋白质分解后，即产生氨基酸，而氨基酸又具有鲜美的滋味，故“吃着香”。
臭豆腐闻起来臭、吃起来香，有些人对它敬而远之，有些人则将吃它当成了一种嗜好。其实，臭豆腐属于发酵豆制品，制作过程中不仅会产生一定的腐败物质，还容易受到细菌污染，从健康角度考虑，还是少吃为好。
研究证明，豆制品在发酵过程中会产生甲胺、腐胺、色胺等胺类物质以及硫化氢。它们具有一股特殊的臭味和很强的挥发性，多吃对健康并无益处。此外，胺类物质存放时间长了，还可能与亚硝酸盐作用，生成强致癌物亚硝胺。
臭豆腐虽小，但制作流程却比较复杂，必须经过油炸、加卤和发酵等几道程序。在整个制作过程中，要求一直在自然条件下进行，而且对温度和湿度的要求非常高，一旦控制不好，很容易受到有害细菌的污染，轻者会引发人体胃肠道疾病，重者还会导致肉毒杆菌大量繁殖，产生一种有毒物质——肉毒毒素。这是一种嗜神经毒素，毒力极强，近年来曾报道过的臭豆腐中毒事件，就是由这种毒素引起的的。
其实，臭豆腐也不是一无是处，它在制作过程中，能合成大量维生素B12。人体缺乏维生素B12，会加速大脑老化，容易引起老年性痴呆。不过，维生素B12在肉、蛋、奶、鱼、虾等很多动物性食物中都存在，与这些优点比起来，臭豆腐的缺点更应该引起人们的注意。
如果对臭豆腐真的难以割舍，建议大家吃时最好多吃新鲜的蔬菜和水果。它们含有的维生素C可阻断亚硝胺生成。