南京的臭豆腐可分为两种，一种是灰白的嫩豆腐，一种是瓦灰的豆腐干。嫩臭豆腐下到油锅里炸至金黄色，就可以起锅，吃的时候浇上一些辣椒酱、芝麻酱、蒜汁、香菜、小葱、姜末，吃起来外脆内酥软，味道香浓；灰色的臭豆腐干子，在油里炸的时间需稍久一些，才能炸得透，随着诱人的臭味弥漫开来，豆腐干的表面就会起小泡泡，待色转变成灰黑色，就可以吃了。这样的臭豆腐干子一般切成小块，串在竹签上，炸熟后直接刷上摊主备下的调味酱，趁热食之，香脆可口，颇有嚼头。
南京高淳的臭豆腐在做法上也有些与众不同。先用上好的黄豆制成水豆腐，然后把白嫩的水豆腐压制成白白的豆腐干子；再把豆腐干加入到一种卤液中。此处的卤液是最有讲究的，需要用隔年留下的烂咸菜汁做成，纯绿色、纯天然，没有添加任何色素，散发出来的是很自然的臭味。把盛放的坛子封好口，再埋到地底下，数天之后取出，白豆腐已成青墨色的臭豆腐干了。掰开豆腐干，可以看到从里面到外面，都是青墨色，闻闻奇臭，炸熟后入口却又是奇香无比。这种地道的臭豆腐，近年来已经快在市场上绝迹，出售的多是些仿制的赝品。