博物馆现有4个展厅。其中二楼东展厅为“敦煌汉长城展览”,以巨型沙盘模型和大量图片,展示了敦煌境内的汉长城、烽燧、古关遗址,并展出有发掘的汉简、火炬、古币、箭镞等实物。三楼东西两展厅设“敦煌历史文物展览”,展出历代出土文物679多件,重点反映了汉唐时期敦煌在丝绸之路的重要地位,成为中外游客在短时间内集中了解敦煌历史文化的窗口。
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