慈云寺位于内蒙古巴彦淖尔市临河区新华镇，寺院距巴彦淖尔市首府所在地临河区仅49公里，有两条省级公路经过寺院，交通十分便利。寺院创建于1938年，作为缘起，时仅为一位张姓的大善人变尽家财建起的两件土房，张善人曾预言寺院在过后将得逢大德高僧，在该寺广传圣教，绍隆佛祖家业，当时为汉传佛教寺院。1945年曾增修大雄宝殿等三座佛殿，后由于年久失修和文革破坏，三间佛殿也几近破败。1982年改革开放以后，党的宗教政策得到充分落实，寺院在市区两级政府和广大心中的大力指出下，由妙金老和尚在原址上建起一座430平米的观音殿和一座88平米的山门。2001年应广大汉地信众虔诚祈请，具德金刚上师玖美俄萨-远从藏地来坐床慈云寺。

现寺院由山门、观音殿、龙树殿、地藏殿、米拉塔、密宗院、财神殿、二僧院和在建的本尊殿、三身殿等组成。山门为秘檐式建筑，山门正中塑大肚弥勒佛像，满面笑容，面迎十方众生，常“笑天下可笑之人”，常“容天下难容之事”。

慈云寺行政归属临河区民宗局，由寺院自主经营管理，始建于民国26年，即1938年，现正在征地进行扩建，每年都有周边地区大量香客前来上香。

慈云寺每年在农历二月十九，五月初十和九月十九都举行各类佛事活动。法会期间上师都会带领寺院常住师父们为众生诵经祈福，佛事仪轨谨严，法号锣鼓激越，摄人心魄。届时香客众多。