相传，清朝年间，此处水草丰美，锡林河从身旁轻轻流过，山脚下住着一位叫额尔敦的老牧人，他信仰佛教，因乐善好施而远近闻名。后来人们在他去世后，把这座山叫额尔敦山，山上的敖包也随之被称为额尔敦敖包。

关于敖包的由来，草原上有着许许多多的说法。一种解释说，敖包最早是用来祭祀祖先的。草原蒙古民族的葬礼多采取野葬，又叫-。蒙古人在亲人去世后，用毡子将尸体裹住，按照-指示的方向，用牛车拉上尸体在草原上奔跑，尸体掉落的地方被认为是亲人安葬之地。为便于以后祭奠亲人，在送葬时要带上母骆驼和小骆驼。在尸体掉落之地将小骆驼的腿割破，让血流到该处。次年，再带着母骆驼和小骆驼来寻找。因骆驼嗅觉，闻到遗留的血腥味便起哀鸣，由此可以判定亲人安葬的确切位置。这时，人们在上面放一些石头做标记，，日积月累就形成了敖包。另一种说法与“一代天骄”成吉思汗有关。据说，在公元13世纪时，铁木真经常与蒙古各部争战。每征服一个部落，他总要在高山或高处堆起土堆，或用石块垒成石堆，插上旗帜做为标志，意为征服。

随着时代的变迁，敖包的内涵逐渐丰富，形式也多样起来。最初只有一个代表保护神的敖包，后来演变成三个敖包：中间较大的代表天神，右侧代表地神，左侧代表先祖，七个敖包即代表七个卡尔格佛，十三个敖包即供奉十三个勇士。

额尔敦敖包始建于1753年（清乾隆十八年），由十三个敖包组成。在0中被毁，1973年建起一座人民英雄纪念碑，2002年纪念碑迁至到烈士陵园。经过近两年的规划建设，投资500多万元，重新恢复了额尔敦敖包。中间大敖包后还有一个水祭坛，祭坛中的黑白日月图寓意与日月同辉。中间的大敖包为佛祖敖包，也是原阿巴哈纳尔旗敖包；左边的第一个敖包是贝子庙朝克沁主殿敖包；右边第一、二个是贝子庙敖包，剩下九个敖包分别是原阿巴哈纳尔旗所辖9个佐的敖包（佐也就是现在的苏木，相当于乡）。额尔敦敖包始建于1753年，由十三个敖包组成。十三个敖包中的每个敖包均有自己的象征寓意，中间的大敖包为佛祖敖包，也是原阿巴哈纳尔旗敖包。中间敖包左边的第一个敖包是贝子庙朝克沁主殿敖包，右边第一、二个是贝子庙敖包，剩下九个敖包分别是原阿巴哈纳尔旗所辖9个佐（行政区域，也就是现在的苏木，相当于乡）的敖包，即：伊和郭勒苏木、巴嘎郭勒苏木、台吉纳尔苏木、朝浩尔苏木、巴彦呼热右苏木、巴彦呼热左苏木、华努德右苏木、华努德左苏木、阿尔嘎拉津苏木。并且按照蒙古族崇尚数字9的习俗，额尔敦敖包山的台阶一共建了171阶。171是19个9组成，171相加也是9。

额尔敦敖包的传统祭祀日为每年的农历五月十三。到1972年，额尔敦敖包作为旗敖包每年都要祭祀，已有二百多年的祭祀历史。后因文革中断。2004年农历五月十三的祭祀是中断47年后的首次大型祭祀活动。目前，每年以祭祀额尔敦敖包为序幕的游牧文化节已作为我市的一种节庆品牌得以推广。

祭敖包时，首先点燃香火，同时将祭品献于祭坛之上。然后，要顺时针绕敖包三圈，（既可以绕十三个敖包，也可绕主敖包。）每每走到主敖包正面，都要停顿下来许一个愿。绕三圈后，把哈达系在敖包的围绳上，然后到祭坛右侧，喝奶酒、吃奶食。喝酒时，要用无名手指沾酒，敬天，敬地，敬祖先，然后将酒轻洒大地。吃奶食时，要将第一口敬献敖包，剩下的自己吃掉。

祭敖包一般只许男人祭祀，而额尔敦敖包男、女都可以祭。祭完敖包后，还要举行规模不等的那达慕，主要项目是赛马和摔跤，利用这个机会人们可以互相交流，男女青年可以互表爱意。