湖泊长7.2公里，平均宽2.5公里，湖水最深约21米，中有堆确、堆穷两座石头小岛。湖盆四周山地由紫红色砂岩组成，湖盆内部地势较缓，湖的北面出口处有沼泽草甸分布，是良好的牧场。湖区属山地针叶林湿润、半湿润气候，湖中有高原裂腹鱼栖息和水草生长。

湖泊地势高寒，每年11月底开始结冰，1月起全部封冻，4月底化完。在冬季，莽措四周雪山一片银色，极为壮观。5～10月，气候温暖湿润，绿草如茵，湖水澄清，景色迷人。莽措1985年被芒康县定为自然保护区。