清嘉庆十九年(1814年)由贵州巡抚许兆椿等人倡议，与扶风山阳明祠初建时同期修建。为人们郊游时之憩息场所,故得以长期保存,但只残留亭子的四柱。

君子亭有三楹,是仿贵阳城内的阳明祠式样而修建的,四面空敞,故以亭名。清道光十二年(1832年)重修后,贵州布政使李元度曾刻石立于亭中,碑石而今尚存于亭外。亭前旧时为东城濠,后为荷花池。民国17年(1928年)于池外修筑了环城东路,行人就不再经过君子亭了。

1958年,贵州省人民委员会将君子亭列为省级文物保护单位。1982年2月23日,被贵州省人民政府再次定为省级文物保护单位。