书院坐西北向东南，占地四亩，建筑面积约二亩，依山势坡度而建。入门前厅与两廊是二层楼房，连接成凹字形，两廊上下各筑成10间房子，为生员宿舍，中间是一天井，后厅因地势高，地基约与前厅楼板平，从天井设石阶登上后厅堂和两侧房子。

前厅楼上，题名为“雨化楼”，取“春风化雨”之意。以本县及外地的举人、贡生等学行兼优之宿儒为山长，主持教育生员，以应科举考试。至清末废除科举，琴峰书院即办为饶平县立高等学堂。