动植物标本馆一层陈列面积约380平方米，陈列动物标本约2000余件，所陈列动物标本，以鱼类、两栖类、爬行类、鸟类、哺乳类的标本为主；并按照自然分类法，从低等到高等（腔肠动物、软体动物门、节肢动物、节皮动物、脊索动物）以回廊式布展。展品中含国家一级保护动物29种，如大熊猫、金丝猴、蜂猴、熊猴、白头叶猴、黑叶猴、云豹、金钱豹、东北虎、蒙古野驴、野骆驼、白唇鹿、梅花鹿、扭角羚、赤斑羚等，白鹳、金雕、胡兀鹫、褐马鸡、丹顶鹤、大鸨、鼋、巨蜥、蟒、扬子鳄、中华鲟、白鲟、鹦鹉螺、红珊瑚等；二级保护动物4 5种，如猕猴、穿山甲、黑熊、棕熊、水獭、猞猁、小熊猫、江豚、宽吻海豚、拟虎鲸、鬣羚、水鹿、斑海豹、褐鲣乌、白额雁、大天鹅、天鹅、鸳鸯、雀鹰、松雀鹰、灰背隼、燕隼、红隼、赤腹鹰、乌灰鹞、红腹角雉、蓝马鸡、白鹇、红腹锦鸡、灰鹤、绯胸鹦鹉、冠斑犀鸟、鸺、绿海龟、大鲵、虎纹蛙、胭脂鱼、虎斑宝贝、冠螺、文昌鱼等。

动植物标本馆二层储藏面积约近40平方米，以密集贮藏方式藏有植物腊叶标本10000余份，基本包含了维管植物（蕨类植物门、裸子植物门、被子植物门）主要类群的代表植物。

动植物标本馆既是扬州大学校园文化的重要设施，又是扬州市青少年科普教育基地，还是本校生物类各专业实验、实习教学的场所；本馆年均接待近万人次的参观与学习。本馆不仅实行固定和预约开放，所藏标本还能够通过手机扫描二维码，实现在线观摩与浏览。