2000年，原吉林大学、吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院合并组建新吉林大学。2004年，原中国人民解放军军需大学转隶并入。

学校学科门类齐全，下设43个学院，涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、军事学、艺术学等全部13大学科门类；有本科专业129个，一级学科硕士学位授权点59个，一级学科博士学位授权点44个，硕士学位授权点304个，博士学位授权点244个，博士后科研流动站42个；有一级学科国家重点学科4个（覆盖17个二级学科），二级学科国家重点学科15个，国家重点（培育）学科4个，一流大学与一流学科建设项目47个。